El crecimiento de la Capital, donde estaba el observatorio, el aumento de la luminosidad por todos rumbos y la trepidación del suelo debida al tráfico, dificultando las investigaciones modernas de la astrofísica.  Se sugirió entonces la idea de trasladar el observatorio a Taxco, pero el Presidente Manuel Avila Camacho había ya decretado la fundación de un observatorio en Tonantzintla, Puebla.

El señor Luis Enrique Erro y el Dr. Carlos Graef fueron los pilares del  observatorio, con los cargos respectivos de Director y Subdirector.  Coadyuvados por el personal competente, el nuevo centro cultural, dependencias de la Secretaría de Educación celebraron su dedicación en Febrero de 1942. El Director juzgó conveniente enviar el personal a Harvard para una buena preparación.  Formaba parte del  grupo el Señor Guillermo Haro, cuya afición hacía esperar un excelente investigador en espectroscopía y en estrellas variables. Haro descubriría una estrella Supernova en la Galaxia M83 de la constelación de la Hidra el 15 de Marzo de 1950.

En 1946 el Ingeniero Joaquín Gallo dejó la Dirección del antiguo observatorio, y el H. Consejo Universitario lo agració con el título de "Investigador Emérito".

Este observatorio  estuvo casi exclusivamente dedicado a la astrofísica. que investigó el origen de las nebulosas y de las estrellas, su composición, la causa de su radiación y la relación entre masa y la luminosidad. El primer objetivo del observatorio fue la construcción de una cámara Schmidt. Con este instrumento Guillermo Haro realizó sus estudios sobre los objetos Herbig-Haro. A partir de 1950 comenzó la construcción de un fotoheliógrafo y de un reflector de 1 m de diámetro.

La dotación instrumental del observatorio no era precisamente brillante. Contaba con una cámara Schmidt, que daba buenas imágenes con poco tiempo de exposición, con el pequeño ecuatorial Grubb de Tacubaya y con algunas otras cámaras e instrumentos de estudios de placas.  El Dr. Graef se separó pronto del observatorio, después de  haberse dedicado exclusivamente a la física; casi al mismo tiempo falleció en Enero de 1955, el Señor Erro, y en sustitución de éste, la Secretaría de Educación nombró al Señor Guillermo Haro, director.
De Tacubaya se trasladaron al  observatorio Tonatzintla el ecuatorial fotográfico, el fotoheliógrafo y otros aparatos de menor importancia.  Sólo se dejó el círculo meridiano empacado y guardado en el sótano, y el gran ecuatorial en malas condiciones por estar a la intemperie. Por lo pronto la labor del viejo observatorio quedó reducida a la transmisión de la hora y a la preparación del Anuario.

En el año de 1971 pasó a depender del Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica (INAOE) creado con el fin de impulsar las investigaciones científicas en el país, y su instrumental consiste en la cámara Schmidt y un telescopio solar, además de un telescopio de 2,12 m instalado en el Observatorio Guillermo Haro de Cananea, Sonora. Entre los proyectos a corto plazo está el de construir, junto con la Universidad de Massachusetts (EEUU), un gran telescopio milimétrico de 50 m de diámetro, que será el más poderoso del mundo en su tipo.

Francisco J. Flores Figueroa