La historia de los zorros del Atlas,comienza en la cuna del fútbol, Inglaterra. Un grupo de muchachos que había estudiado en colegios ingleses organizó a su vuelta a Jalisco un equipo en el que practicar el juego que habían aprendido allí.

Inicia la historia de ''La Academia'' Rojinegra

El equipo al que llamaron el Atlas, fue constituído el 15 de agosto de 1916. El primer campeonato en el que participó fue el de Guadalajara en 1916-17. En él jugaron el Atlas, el Colón, el Guadalajara y el Estándar.

Su historia reciente se incia en 1943, año en el que ingresa en la organización del fútbol mexicano y debuta en Primera División ante el Asturias, partido que perdió por 2-4. Esa primera temporada está marcada por las goleadas. Tristemente no por las conseguidas, sino por las encajadas, 2-9 ante el A.D.O y 3-7 ante el Guadalajara.

Tres años después el Atlas estaba en disposición de volver. Con Eduardo Valdatti en el banquillo el equipo ya no era aquel grupo de novatos que encajaban una paliza tras otra, sino el mejor conjunto del campeonato. El América fue el que pagó los platos rotos y se llevó 9 goles. En el 45 conquistaron la Copa y repitieron otra vez en el 49. añadiendo además el título de campeón de campeones al historial del club.

El equipo estuvo cerca en el 47 y en el 48, pero el título se escapó por un punto. En el 50 el Atlas tenía la mejor escuadra de su historia, que era además la mejor del campeonato. Sólo cuatro derrotas en todo el torneao, sólo 23 goles encajados y el título, como guinda conseguido ante el Guadalajara. ¿Qué más podían pedir?.