La historia comienza con el desafió de Kaoru Kamija dueña del dojo Kamija, con el legendario Hitokiri Battousai, un famoso asesino del Ishinshishi, conocido por su crueldad. Pero por lo visto, Kaoru se ha equivocado, ese samurai sin amo no tiene pinta de ser el asesino que desacredita su dojo. Lo invita a quedarse en su casa pero después de un pequeño malentendido (con el baño de por medio) él se marcha. Kaoru descubre que la descreditación del dojo es culpa de un viejo amigo de la familia, que quiere extorsionarla, pero el vagabundo llega a tiempo a salvarla... y revelarse como el verdadero Hitokiri Battousai. Kaoru, sin saber muy bien porque, le pide que se quede, porque necesita ayuda.

El siguiente en pasar a la tutela de kaoru es Yahiko Myoujjin, único descendiente de una familia de una familia de samurai empobrecida, que debe trabajar para la yakusa para pagar una deuda imaginaria. Kenshin logra salvarlo y, ante sus ansias por aprender, decide que Kaoru lo entrene.

El tercero en discordia es Sanosuke Sagara, un matón que formaba parte de un grupo de civiles que lucharon por el ejército, pero fueron eliminados. Sanosuke intenta vengarse en Kenshin pero se da cuenta de su error y acaba formando parte de la "familia" de Kaoru. Ésta es una historia de personajes, de los temores y esperanzas de la gente tras un cambio político y durante la época de abusos y malentendidos que se generaron tras la guerra. Ninguno tenia familia y, bajo el techo de Kaoru, logran recuperar algo de autoestima, un sentimiento de unión del que están muy necesitados. El nexo de unión es Kenshin, un protagonista peculiar, con dos caras y dos personalidades diferentes. Nadie quiere imaginarse qué pasaría si Kenshin volviera a ser el de antes, e intenta evitarlo a toda costa.

Ése es el argumento de Rurouni Kenshin: como un hombre puede vivir con la culpa. Pero aparte de eso, claro, pasan muchas cosas. La saga principal, la más importante,es la de Makoto Shishio, sustituto de Kenshin como asesino y que tras ser traicionado, ansía dominar Japón. Kenshin se enfrenta a él, aún sabiendo que perderá la vida, y solo su fuerza de voluntad y la ayuda de sus aliados logran hacer que siga con vida.

El manga es diferente del anime. Si sois seguidores de "Rurouni Kenshin", se habrán dado cuenta de que la calidad del guión de la serie de televisión desciende bruscamente tras la saga de Kyoto. Los guionistas se sacaron del manga la historia de Shogo Amakusa y el regreso de Yutaro mientras Nobuhiro Watsuki tomaba sendas muy distintas.

A partir del tommo 18, tras el regreso de Kenshin a Tokyo, reaparece alguien del pasado de Kenshin, alguien a quien hubiera preferido olvidar, alguien que quiere devolverle multiplicado por mil el dolor que le causó Hitokiri Battousai: Enishi Yukishiro, hermano de Tomoe Yukishiro, la "difunta esposa" de Kenshin. Esta saga es la más interesante ya que

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