La
historia de Shishio comienza al final de la era Tokugawa cuando Kenshin
Himura ya había salido del anonimato en su trabajo como asesino
del gobierno, Kenshin al dejar la espada y prometerse así mismo
que no volvería a matar en arrepentimiento por lo ocurrido con su
esposa Tomoe, el gobierno solicito la ayuda de un nuevo asesino, Makoto
Shishio proveniente de la secta Nagazu cuyo talento con la espada lo hacia
muy peligroso; Mediante ese talento escepcional con la espada quería
darse a conocer a los políticos, ya que Shishio ambicioso de poder
deseaba ser mas que un simple asesino, tales asesinatos efectuados por
el tuvieron tanta importancia que de haber se dado a conocer al publico
el gobierno Meiji seria un caos absoluto.
El
gobierno Meiji decide eliminar a Shishio por el peligro que corrían
al dejarlo vivo por un posible derrocamiento. Shishio es atacado sorpresivamente
durante una batalla con ataque en la frente así queda inconsciente,
después es empapado de combustible y prendido fuego sobre su cuerpo
ardiendo en llamas mientras este gemia de dolor sus atacantes pensaron
que había muerto entre las llamas pero no fue así...
Shishio sobrevivió con quemaduras en todo su cuerpo, su odio hacia
el gobierno y el anelo de derrocarlo y tomar venganza en contra de las
personas que lo habian traicionado le daban fuerzas para continuar su lucha.
Shishio logra sobrevivir a esa gran prueba del destino, saliendo victorioso
y renaciendo de las cenizas como el fenix. 10 años mas tarde forma
una organizacion criminal lo suficientemente poderosa para poder derrocar
al gobierno Meiji y hacerlo pagar por sus pecados.
El plan de Shishio consistia en prender fuego a Kioto en medio de la confusion resultado de las llamas podrian partir a Tokio capital del gobierno y de ahi disparar su artilleria desde el Rengoku como lo había hecho el capitán Perry en 1852 con un barco negro. El plan de Shishio había sido creado años atrás por los realistas de la restauración en una taberna llamada Ikedaia de Kioto, posteriormente en plena reunion aparece el Shinsengumi y acaba con la mayoria de los rebeldes.
El Rengoku un barco de artilleria el cual fue comprada a Enishi Yukishiro por Shishio. Esta nave estaba cubierta con una cubierta de madera aparentando un barco normal cuando aparecen Kenshin, Saitou y Sanosuke esta cubierta de madera es retirada por la explosión de su artilleria mostrando asi la verdadera apariencia del imponente barco de batalla sin embargo no fue obstaculo para que fuera destruido.
